Начни с замены масла в КПП на правильное, перед этим желательно промыть КПП от старого масла. Или покатайся на новом недолго и смени его опять на новое GL-4, желательно синтетику или полусинтетику хотя бы. Потом будет видно что ещё косячит. Подшипник в маховике меняй каждый раз, когда снимаешь КПП и сцепу, невзирая на его состояние, он стоит мало денег и меняется без труда. Индийский не нужно покупать, лучше финский, не знаю какие ещё бывают в продаже.
Старую КПП, ту что в сарае, оставь на чёрный день, не раскулачивай. Можно ведь проверить её потроха разобрав корпус КПП. Заодно сменишь прокладки и сальники. Прокладки промажь герметиком и высуши, потом используй, а сальники ищи импортные.
После того как заваришь заглушку, придётся балансировать кардан, иначе он будет бить на скорости.